В ноябре 1991 года Карельская АССР была переименована в Республику Карелию. В связи с данным преобразованием Верховный Совет Карелии принял решение о реформировании официальных символов Республики Карелия. Для принятия новых символов было решено провести конкурс на новый флаг и герб Карелии. Также для реализации данной реформы была сформирована специальная конкурсная комиссия, в которую поступило огромное количество различных вариантов флага Карелии. Так, 8 мая 1992 г. на первом заседании конкурсной комиссии были рассмотрены 60 проектов флага.

Однако в процессе принятия флага и обсуждения проектов официальных символов Карелии возникло немало трудностей, к которым можно отнести полярные общественные мнения по различным вариантам флага, отсутствие согласия между депутатами Верховного Совета Карелии, а также усложнённую процедуру внесения необходимых для принятия нового флага поправок в Конституцию Карелии.

Окончательное решение было принято на сессии Верховного Совета Карелии, состоявшейся 16 февраля 1993 г. Был принят флаг, предложенный Александром Ивановичем Киннером и созданный на основе флага Карело-Финской ССР. В тот же день новый флаг был поднят над зданием Верховного Совета Республики Карелия.

Доктор исторических наук А. М. Пашков объясняет успех флага, предложенного А. И. Киннером, следующим образом: цвета этого флага, взятые с флага Карело-Финской ССР 1953 г., обладали положительным историческим восприятием, так как в сознании жителей Карелии существование Карело-Финской республики было связано с победой в тяжёлой войне и послевоенным восстановлением хозяйства. Также к достоинствам флага А. И. Киннера историк относит то, что он, в отличие от ряда других проектов флага Карелии, не имеет этнической ориентации и потому не повышает уровень межнациональной напряженности, ситуация с которой была крайне обострённой в 1990-е гг.